为什么要注册商标？

因为如果企业对通过商标注册取得专用权不够重视，或者商标意识不强，重使用、轻注册。这会带来至少有三个隐患：
1、当市场看好时，假冒者应运而生，难以运用法律保护自身利益；
2、只顾使用，可能无意间侵犯他人商标专用权，因为该商标他人已注册在先；
3、一旦被人抢注，巨额广告投入、辛苦建立的商标信誉，可能都是在替人做“嫁衣”，虽然也有补救措施，如异议或请求转让，但费时又费财。所以需要及时注册商标。
对于拟使用的商标必须事先加以检索，确认是否同他人注册或审定在先的商标相冲突。在完成检索手续后（深圳中一），确认无相冲突的申请案方可进行申请注册。

有四字商标和同类的两个商标中分别有两字相同能注册吗？

可以。
宝玉山谷 和 宝玉吉祥 在含义上有明显不同

宝玉山谷 和 山谷亭 在含义上差别就更大了！

我觉得只要排除查询盲区问题，应该没有任何问题！